日本における人里の環境は水田耕作を中心とした水の多い環境であり、第二次世界大戦後の今日までの歴史の中で身近に見かけられる人里の環境のなかで最も破壊が進んだのが「水辺環境」であった。河岸は護岸工事で固められ、川の水は水質汚濁が進み、また、水田は圃場整備事業によって広いが単純で生態系に乏しいものとなり、水路からは切り離され、水路は単なる側溝となりさらに農薬散布がこれに被さり、昔は身近に見られた多くの生き物が姿を消す。
そうした中で、日本では1990年代から環境共生の理念のもとで、環境改善の意味合いでビオトープの名を冠した事業が行われるようになってきた。ある生物を保護するとしてもその生物単体の採取を規制するだけでは駄目で、その餌となる生物や繁殖地、さらに餌となる生物が食する植物など関連する自然生態系全体を維持する必要が次第に認識されてきたのである。ただしドイツで生まれた概念であるビオトープをいつだれが日本にもたらしたのかはよくわかっていない。
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これらの動きが重なって、平成元年度からの旧建設省の多自然型川づくりの推進や河川法の改正で、河川を自然環境媒体の視点からみる考え方が普及した。こうした動きも背景として、ちいさな水辺に水草や抽水植物、小魚等を飼育する環境を「ビオトープ」と呼ぶ語法も出てきた。
生物学における用法では、例えばヘイケボタルが生息する典型的な環境をヘイケボタルのビオトープと呼ぶ。そこには、気象条件、地勢や水系の特性、他の生物の生息状況などが含まれる。ただし、この言葉は特に生態系(Ecosystem)との違いが明確ではなく、どちらでも使える場合もあり、現在では生態学の用語として使われる場面は多くない。生態学の分野で使われる場合にも、以下の用法で使われている例が多い。これに対して、この用語を積極的に用いるようになったのは、自然の開発の仕方の反省にたった所から始まる。特にヨーロッパにおいて、人工的に形作られた河川などの形態をより自然に近い形に戻し、それによって多様な自然の生物を復活させるとともに、本来の自然が持っていた浄化作用を利用する、といった観点から、多自然型河川護岸であるとか、親水工法といった言葉が使われるようになった。つまり、これまでは機械的に形作られてきた河川護岸を、生物の生息場所であると意識し、それを積極的に利用する方法が始められたのである。このような、人為的に多様な生物的環境を創造する試みのことを、エコアップなどと称する場合もある。
上記のように､ビオトープは歓迎される事も多いが、反対派も幾らか存在する。前述のようにビオトープには維持管理に多大な手間がかかる。庭園では植物の生長に応じて間引きや整枝などを適宜施さなければならないが、ビオトープでこれを怠ると密な植栽が関係してたちまち藪のような状態になる。また園内に池を設置する場合でも、特に環流型にする場合、水の浄化設備に通常の庭園よりも高い能力を要求する。よって誰が面倒な管理をするのか、あるいは予算的な問題など、ビオトープ作庭には諸手を挙げて賛成するわけにもいかない面もある。公共的な空間では施工計画にあたって議論が生ずる事もある。